NeXT của Steve Jobs thời điểm đó cũng tìm được cho mình một phân khúc thị trường. Họ sản xuất và bán các mẫu máy tính chuyên làm đồ hoạ với công nghệ màn hình tiên tiến cho các trường đại học và ngân hàng. Apple hy vọng rằng, Jobs sẽ đem lại sức sống mới cho Mac và cho cả Apple vốn lúc này đang trải qua giai đoạn khủng hoảng: giá cổ phiếu xuống thấp nhất trong vòng 12 năm kể từ khi Amelio lên làm CEO. 

Vào 4/7/1997, Jobs thuyết phục Hội đồng quản trị của Apple để lật đổ Amelio và để ông làm CEO tạm thời, sau đó là chính thức. Tháng 8/1997, Jobs lên sân khấu tại một hội nghị Macworld Expo khác và công bố rằng, Apple đã nhận 150 triệu USD đầu tư từ đối thủ lâu đời Microsoft. "Chúng tôi cần tất cả những sự giúp đỡ mà chúng tôi có thể có được" - Jobs đáp lại những tiếng la ó từ phía những khách mời trong khán phòng. 

Trên thực tế, vào năm 1997, tình hình tài chính của Apple thảm khốc tới nỗi CEO và nhà sáng lập của Dell là Michael Dell, một trong những đối tác lớn của Microsoft, nói rằng nếu ông ở vai trò của Jobs, ông sẽ đóng cửa công ty và trả lại tiền cho cổ đông. 

Nhưng đầu năm 1998, tại một triển lãm Macworld Expo nữa diễn ra ở San Francisco, Jobs kết thúc bài phát biểu của mình bằng một câu nói về sau mang tính "biểu tượng": "One More Thing" (tạm dịch: Và cuối cùng là…): Nhờ sự định hướng của Jobs và sự giúp đỡ của Microsoft, Apple cuối cùng lại có lãi. 

Cũng vào năm 1998, Jobs thuê về một lãnh đạo tên Tim Cook để giúp Apple mở rộng tầm hoạt động ra toàn thế giới. Cook về sau trở thành COO của công ty. 

Jobs cần sự giúp đỡ. Ở thời điểm này, ông vừa làm CEO Apple lẫn CEO của Pixar Studios, công ty mà ông làm Giám đốc đầu tư với số vốn 10 triệu USD bỏ ra. Jobs trên thực tế còn là Giám đốc sản xuất của phim hoạt hình nổi tiếng "Toy Story".

Phía sau hậu trường, Jobs tạo ra những thay đổi lớn cho nhân viên Apple. Dưới thời Steve Jobs, nhân viên được ăn uống ngon hơn. Nhân viên bị cấm mang thú cưng đến công sở bởi ông muốn mọi người tập trung vào công việc. 

Gần tròn 1 năm sau khi có tiền đầu tư từ Microsoft, vào tháng 8/1998, Apple ra mắt chiếc iMac đầu tiên, một mẫu PC all-in-one hiệu năng cao được Jobs và tài năng mới là Jonathan Ive đồng thiết kế. 

iMac có nhiều tuỳ chọn màu sắc và đây cũng là lần đầu tiên thế giới được biết đến tài năng thiết kế của Ive. Chiếc iMac đầu tiên bán rất tốt với doanh số 800.000 chiếc trong 5 tháng đầu tiên lên kệ.

Jobs ban đầu đặt tên "MacMan" cho chiếc Mac mới. Tuy nhiên, Ken Segall, lãnh đạo agency quảng cáo của Apple thời điểm đó đã gợi ý đặt tên là "iMac". Chữ "i" theo ông nghĩa là internet", khi mà với iMac, người dùng chỉ cần 2 bước để kết nối với web. Tuy nhiên, Apple cũng nói rằng chữ "i" nghĩa là "individuality" (cá nhân) và "innovation" (cách tân).

Cách đặt tên này về sau được Apple giữ lại. Năm 1999, Apple giới thiệu iBook, một chiếc PC tân thời với tham vọng lặp lại thành công của iMac nhưng dưới dạng một chiếc laptop tầm thấp, giá rẻ. 

Thế nhưng bước đi đột phá tiếp theo của Apple chỉ đến vào năm 2001, khi Mac OS X được phát hành. Công ty không thu được mấy thành công với Mac OS 8 và 9, nhưng OS X thì ngược lại nhờ việc hệ điều hành này được thiết kế lại hoàn toàn, dựa chủ yếu vào các công nghệ Unix và BSD vốn là "hạt nhân" của các máy tính mà công ty NeXT của Jobs phát triển. 

Từ đây, những điều tốt đẹp liên tiếp đến với Apple. Vào cuối 2001 hãng mở các cửa hàng bán lẻ đầu tiên của mình ở Virginia và California.

Sang tháng 10, Apple của Jobs mở rộng ra các lĩnh vực ngoài Mac, với việc tung ra iPod, một chiếc máy nghe nhạc số giúp "lưu trữ 1.000 bài hát trong túi quần". Ban đầu iPod bán khá chậm, chủ yếu do có giá cao lên tới 399 USD và chỉ tương thích với Mac. 

Năm 2003, Apple ra mắt iTunes Music Store với mô hình giá bán 0,99 USD cho mỗi bài hát. Cùng lúc này, cả iTunes và iPod đều đã hỗ trợ các máy tính chạy Windows, giúp các sản phẩm âm nhạc của Apple được dịp bùng nổ. 

Nhưng năm 2003, Jobs nhận được một thông tin xấu liên quan tới sức khoẻ của mình: Ông bị ung thư tuyến tuỵ. Jobs giữ bí mật điều này và chỉ chia sẻ cho nhân viên biết vào năm 2004. 

Trong chỉ 6 năm, Apple từ vị thế chỉ là "trò cười" cho các ông lớn trong làng công nghệ đã trở thành ông lớn đúng nghĩa. Và từ 2003 đến 2006, giá cổ phiếu công ty tăng từ 6 USD/cổ phiếu lên tới 80 USD. Apple vẫn kém xa Microsoft về giá trị thị trường, thế nhưng rõ ràng công ty đã làm ra được những khoản tiền khổng lồ. 

Theo năm tháng, "Táo khuyết" đứng trước áp lực phát triển thiết kế để tạo ra các thiết bị toàn màn hình cảm ứng. Năm 2004, Jobs thành lập dự án "Project Purple" do Ive phụ trách còn mình làm giám sát nhằm phát triển một thiết bị như thế. Ban đầu, Jobs đã hình dung về việc ra mắt một chiếc tablet song cuối cùng sản phẩm ra lò lại là concept một mẫu điện thoại.